Заказчик вправе оплатить два этапа по контракту одним РСКП

Зависит от того, как оформите документ о приемке. Для оплаты в ЕИС действует правило: один документ-основание, одно РСКП. Если оформили один приемочный документ на два этапа, то можно сформировать одно РСКП и оплатить несколько исполненных по контракту этапов одним платежом. В реестре контрактов укажите две информации о платежах по каждому этапу отдельно. Прикрепите одно и то же платежное поручение с одинаковыми реквизитами, а суммы – равные сумме документа о приемке. Если оформили приемочные документы по каждому этапу отдельно, то РСКП нужно сформировать для каждого документа. В ЕИС нет возможности формировать одно распоряжение на несколько приемочных документов.